Soporte metodológico

 

Asesoramiento estadístico y bioinformático a los investigadores  

IDIVAL ofrece asesoramiento especializado en estadística, que incluye desde la planificación de experimentos y estudios hasta el análisis de datos y ayuda a la interpretación de resultados.

Para el apoyo la Unidad cuenta con el soporte de la Agencia de Ensayos Clínicos de IDIVAL y de los siguientes expertos de nuestro entorno:

  • Pedro Muñoz Cacho (Unidad Docente de Medicina Familiar y Comunitaria, Servicio Cántabro de Salud). Email: pedro.munoz@scsalud.es
  • Juan Manuel Medina Méndez (Unidad de Soporte Bioinformático, IDIVAL). Email: bioinformatica1@idival.org. Tel: 942 31 56 84.

 

 

Solicitud de servicio

Para solicitar servicio enviar el formulario específico a uno de los expertos de la Unidad.

La solicitud será evaluada internamente y se aportará un presupuesto para su aceptación. Una vez aceptado el presupuesto, se realizará el trabajo solicitado. Las tarifas serán cargadas a proyectos de investigación de IDIVAL. Las tarifas por apoyo metodológico son las siguientes:

  • Tarifa interna: El precio por hora aplicable con proyectos en la institución es de 30€/hora.
  • Tarifa externa 1: El precio por hora aplicable a clientes externos que sean entidades públicas es de 40€/hora.
  • Tarifa externa 2: El precio por hora aplicable a clientes externos que sean entidades privadas es de 90€/hora.

En el caso del apoyo bioinformático, se recomienda aportar una descripción detallada del experimento,  objetivos del análisis y variables a considerar. Enviar el formulario a la dirección: bioinformatica1@idival.org

La solicitud se evaluará internamente y la aceptación se comunicará vía correo electrónico, también se ultimarán detalles (no se cargarán tarifas aunque  se requieren unos plazos mínimos de entrega en función de la solicitud).

Cartera de servicios:

  • Administración de bases de datos clínicos y diseño de planes de gestión de datos. Asesoramiento puntual en aspectos metodológicos como el cálculo de la medida muestral necesaria o la elección de variables.
  • Concesión de datos OMOP-CDM de la plataforma EHDEN mediante ATLAS, previa aprobación del proyecto por parte de la DGTDRU y del CEIm. Aporte de variables en formato estandarizado con la información encriptada. Análisis de variables en el diseño del estudio y/o el procesado de la información.
  • Estadística descriptiva sobre resultados de encuestas o cuestionarios a pacientes. Análisis de datos longitudinales o medidas repetidas con modelos lineales mixtos. Apoyo con modelos lineares generalizados. Análisis de supervivencia con curvas Kaplan-Meier.
  • Supervisión de análisis estadísticos y revisión conclusiones del estudio. Visualización de resultados. Análisis multivariados de regresión logística, Poisson y modelos de Cox. Estudios de reducción de dimensionalidad (PCA) y multidimensional scaling (MDS).
  • Análisis de exomas, genomas y paneles de genes. Control de calidad de librerías de secuenciación. Cuantificación de abundancia génica. Detección de variantes estructurales (SVs): variantes de un solo nucleótido (SNVs), polimorfismos (SNPs), y variaciones en el número de copia (CNVs). Filtrado, anotación y asociación a fenotipo de las variantes resultantes. Análisis de enriquecimiento funcional de genes y funciones metabólicas en términos GO y rutas KEGG.
  • Expresión diferencial de genes analizados mediante microarrays o RNA-seq. Análisis de splicing alternativo y detección de isoformas. Estudio epigenómico de regiones reguladoras de la transcripción. Identificación de sitios de unión a proteínas mediante ChIP-seq.
  • Estudio de comunidades microbianas mediante análisis metagenómico. Ensamblaje de novo de genomas procariontes. Asignación taxonómica de reads y predicción genómica mediante binning. Análisis filogenéticos.

 

Gobierno de Cantabria   Servicio Cántabro de Salud   Hospital Universitario Marqués de Valdecilla   Universidad de Cantabria   europa   isciii   feder  FSE  eatris   Sanidad   AEI   FecytCohorte