De acuerdo con los estatutos del IDIVAL publicados en el Boletín Oficial de Cantabria de 13 de Enero de 2014, el Patronato es el máximo órgano de gobierno del IDIVAL y cuenta con el mayor nivel de representación encontrándose presidido por la Consejera de Sanidad. Entre sus funciones se encuentran la aprobación del presupuesto anual y del plan estratégico del Instituto así como el nombramiento de los directores y de los miembros de los órganos asesores.

La Comisión Delegada tiene como Presidente al Gerente del Hospital Universitario Marqués de Valdecilla. Entre sus funciones están realizar un seguimiento periódico de las tareas de dirección y de gestión del centro, realizar el seguimiento de los convenios y acuerdos suscritos por la Fundación y facilitar las tareas de dirección y gestión de la Fundación, especialmente en lo relativo a sus relaciones con las entidades fundadoras

Director Científico: Benedicto Crespo-Facorro

El director científico es responsable de la planificación y dirección de la política científica y de los planes de investigación y actúa como máximo representante de IDIVAL en materia científica.

Director de Gestión: Galo Peralta Fernández 

El director de gestión actúa como representante y portavoz de la fundación ante otras instituciones en relación con las actividades materiales de gestión y gestionar la organización interna del instituto y su infraestructura de investigación.